AYATOLLAH Seyyed Mojtaba Khamenei dilahirkan pada tahun 1969 di Mashhad dan merupakan anak kedua kepada pemimpin tertinggi Iran yang telah syahid, Ali Khamenei.
Menurut laporan Tasnim News Agency, Mojtaba memulakan pendidikan awal agama di sekolah hawzah yang diasaskan oleh Ahmad Mojtahedi Tehrani di Tehran.
Semasa tempoh Perang Iran–Iraq, beliau turut berada di medan perang.
Selepas perang berakhir, pada tahun 1989 beliau berhijrah ke Qom untuk melanjutkan pengajian agama dan menetap di siti sehingga awal tahun 1992. Pada tahun yang sama beliau kembali ke Tehran selama lima tahun untuk meneruskan pengajian hawzah.
Pengajian Hawzah ialah sistem pendidikan agama Islam (terutama mazhab Syiah) yang mendalam untuk melatih ulama dan sarjana agama. Ia biasanya dijalankan di institusi yang dipanggil Hawzah Ilmiah.
Pusat pengajian hawzah yang terkenal berada di Qom dan Najaf, yang menjadi tempat pelajar dari seluruh dunia datang untuk mempelajari ilmu Islam secara mendalam.
Pada tahun 1997, Mojtaba berkahwin dengan Zahra Haddad Adel. Pada tahun yang sama beliau sekali lagi berhijrah ke Qom bagi melengkapkan pengajian agama dan mendalami ilmu spiritual.
Sepanjang pengajiannya, beliau mengikuti pelbagai kelas peringkat tinggi hawzah di bawah bimbingan beberapa ulama terkemuka termasuk Ahmad Ahmadi Mianehji, Reza Ostadi dan beberapa profesor hawzah lain di Qom.
Beliau juga menghadiri kelas bahth al-kharij (peringkat tertinggi pengajian fiqh dan usul) yang disampaikan oleh ayahnya sendiri serta beberapa marja (ulama tertinggi), antaranya Javad Tabrizi, Hossein Vahid Khorasani, Mousa Shubairi Zanjani, Mojtaba Tehrani dan Mohammad Momen Qomi.
Menurut laporan itu, Mojtaba telah menghadiri kelas bahth al-kharij (tahap tertinggi pengajian hawzah) secara aktif selama lebih 17 tahun. Beliau juga dikenali sering mengemukakan catatan ilmiah dalam bahasa Arab serta mengemukakan kritikan dan perbahasan ilmiah kepada para gurunya.
Keupayaan intelektual, usaha gigih serta ketelitian ilmiah yang dimilikinya dikatakan menghasilkan pelbagai pembaharuan dalam bidang ilmu hawzah, khususnya dalam fiqh, usul fiqh dan ilmu rijal (kajian tentang perawi atau periwayat hadis dalam Islam, khususnya dalam mazhab Syiah)
Beliau juga dikatakan memiliki kerangka pemikiran yang tersusun dalam pelbagai cabang ilmu Islam dan konsisten dalam pendekatan ilmiahnya. Antara topik yang sering dibincangkan dalam kajian beliau termasuk hakikat hukum syariah, tahap-tahap hukum, asas penetapan hukum, kepelbagaian hukum serta perkembangan penulisan hadis dan karya klasik fiqh.
Penguasaannya terhadap pemikiran ulama besar seperti Morteza Ansari, Akhund Khorasani, Mirza Naini, Agha Zia Iraqi, Hossein Borujerdi serta Ruhollah Khomeini turut memperkukuhkan pendekatan ilmiahnya.
Selain itu, beliau memberi perhatian khusus kepada karya para sahabat imam-imam Ahlulbait serta pandangan ulama awal mazhab Imamiyyah, khususnya konsep “tradisi yang berakar pada zaman para imam” yang dianggap penting dalam proses pengeluaran hukum syariah.
